生物质采暖炉的供暖效果和使用寿命，与燃料质量密切相关，选对燃料、做好存放，才能保证燃烧充分、供暖稳定，避免设备故障。燃料选择的核心是干燥、优质，同时兼顾适配性。
优先选择干燥的成型生物质颗粒，比如松木颗粒，热值高、燃烧充分，产生的炉灰少，不会频繁堵塞设备。避免使用潮湿、发霉的燃料，潮湿燃料燃烧不充分，产生大量烟尘和积水，会腐蚀炉体、堵塞烟道，降低供暖效率；发霉燃料还会产生异味，影响室内环境。也可使用干燥的农林废弃物，比如木屑、秸秆等，但要提前处理，去除杂质和大块物料，避免卡住进料装置。燃料存放要单独放在干燥通风的空间，远离火源，堆放高度不宜过高，防止受潮结块，使用时按需取用，保持燃料干燥度。